Pendirian Yayasan Perguruan Tinggi Universitas De La Salle Manado pada tanggal 7 Agustus 1999 oleh Frater Armin Luistro, FSC yang merupakan Provinsial dari Tarekat Frater-Frater De La Salle Distrik Filipina bersama dengan Monseigneur Josef Suwatan, MSC selaku Uskup Keuskupan Manado yang mewakili Gereja Katolik Keuskupan Manado di Kantor Notaris R.H. Hardaseputra, Jalan Wiracakti No. 5 Pondol, Kota Manado. Adapun maksud dan tujuan dari Frater Armin dan Monseigneur Josef mendirikan Yayasan ini adalah untuk turut berpartisipasi dalam pembangunan masyarakat; melalui penelitian dan pengabdian masyarakat, dalam bidang pendidikan dan pengajaran, baik sosial maupun pastoral dengan maksud untuk mencapai cita-cita masyarakat Indonesia dalam milenium baru. Untuk mencapai maksud dan tujuan tersebut, Yayasan menjalankan kegiatan-kegiatan yang dapat menyesuaikan diri dengan tuntutan zaman dalam semangat solidaritas dengan mendirikan institusi-institusi pendidikan perguruan tinggi, pelatihan teknis dan kursus kejuruan lainnya, mendirikan departemen-departemen pendidikan guru-guru, menyelenggarakan program-program pembinaan pendidikan social-pastoral, asrama-asrama, penelitian, pengabdian masyarakat, dan kegiatan lainnya yang dianggap perlu diselenggarakan untuk mencapai maksud dan tujuan Yayasan. Semua itu dilaksanakan dengan memperhatikan dan mengindahkan segala peraturan perundang-undangan yang berlaku. Adapun Badan Pengurus Yayasan Perguruan Tinggi Universitas De La Salle Manado yang pertama iyalah; Pastor Agustinus Mangundap, Pr, MA selaku Ketua, Doctorandus Jozef Richard Raco, MS selaku Sekretaris, Pasor Herman Umbas, Pr selaku Bendahara, Frater Narciso Syloria Erguiza, Jr., FSC selaku Superintendent of La Salle Supervised Schools in The Philippines and District Education Officer of The Philippines. Adapun dalam proses pengesahan pendirian Yayasan ini, dihadiri oleh Bapak Louis Nangoy dan Insinyur Charles Reijnaldo Ngangi,. MS.

Adapun pada tanggal 7 Agustus 2000 Yayasan mendirikan Universitas Katolik De La Salle Manado dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nomor 123/D/O/2000 untuk 5 (lima) fakultas: Teknik, Ekonomi, Pertanian, Hukum dan MIPA dengan 10 program studi. Fakultas Keperawatan dibuka tahun 2003 dengan izin operational dari Depdiknas nomor 3002/D/T/2003. Pada tahun 2009, Fakultas MIPA Program Studi Ilmu Komputer digabung menjadi satu dengan Fakultas Teknik Program Studi Teknik Informatika. Motto dari Universitas Katolik De La Salle Manado adalah Religio (Iman), Mores (Moral), Cultura (Budaya). Rektor pertama yang ditunjuk oleh Yayasan Perguruan Tinggi Universitas De La Salle Manado adalah Dr. Johanis Ohoitimur.

Pada tanggal 14 Juni 2006, Yayasan Perguruan Tinggi Universitas De La Salle Manado melakukan perubahan terhadap seluruh Anggaran Dasar Yayasan dan menetapkan susunan Organ Yayasan sesuai dengan Anggaran Dasar yang telah diubah, yaitu menjadi Pembina, Pengurus, dan Pengawas. Adapun maksud dan tujuan yang mengalami perubahan berupa; Yayasan berpartisipasi aktif dalam proses pembentukan kepribadian anak bangsa yang memungkinkan berkembangnya bakat secara fisik, intelektual, moral dan budaya, yang diperlukan untuk menjadi manusia dewasa, yang berbudi luhur, memiliki cita-cita religious, yang bertanggung-jawab danmenggunakan kebebasannya secara tepat, untuk mencapai cita-cita masyarakat Indonesia dalam milenium baru. Berdasarkan maksud di atas, maka tujuan Yayasan yang baru adalah bergerak dalam bidang sosial, keagamaan dan kemanusiaan dengan menyebarkan dan mewujudkan cinta kasih Allah kepada masyarakat, teristimewa kaum remaja dan muda serta keluarga. Adapun kegiatan-kegiatan tambahan yang direncanakan untuk kedepannya berupa kegiatan apresiasi seni dan budaya, memberikan bantuan berupa beasiswa bagi mahasiswa yang kurang mampu atau yang berprestasi, dan menyelenggarakan kegiatan wiyata-mandala. Adapun program yang termasuk dalam pendidikan non-formal berupa; pendidikan kejuruan bermacam-macam ketrampilan, kursus dan program pelatihan, serta pusat pendidikan dan pelatihan (diklat), balai latihan kerja, termasuk asrama. Pada tanggal 14 Juni 2006 juga ditetapkan susunan keanggotaan organ-organ Yayasan yang diubah sesuai dengan Anggaran Dasar, yaitu; Pastor Petrus Tinangon, Pr sebagai Ketua Badan Pembina dan Pastor Johannes Lengkong sebagai Anggota Badan Pembina. Adapun Badan Pengurus yang ditetapkan pada tanggal 14 Juni 2006 adalah; Pastor Agus Mangundap Pr sebagai Ketua, Pastor Johanis Josep sebagai Sekretaris, dan Pastor Herman Umbas, Pr sebagai Bendahara. Sedangkan untuk Badan Pengawas; Pastor Aloisius Wenseslaus Maweikere, Pr sebagai Ketua dan Pastor Agustinus Sumarauw sebagai Anggota.

Dalam rangka penyegaran kembali, pada tanggal 17 Maret 2008, Yayasan Perguruan Tinggi De La Salle Manado memutuskan dalam suatu  rapat tentang perubahan susunan Pengurus Yayasan yang bertempat di Keuskupan Manado, sehingga untuk selanjutnya susunan Pengurus Yayasan menjadi sebagai berikut; Pastor Petrus Tinangon, Pr sebagai Ketua Badan Pembina, Pastor Aloisius Wenseslaus Maweikere, Pr sebagai anggota Badan Pembina, Pastor Paulus Joseph Mentang, Pr sebagai Ketua Badan Pengurus, Bapak Peter Tjan sebagai Sekretaris Badan Pengurus, Bapak Doktorandus Harry Fransiskus Samboaga sebagai Bendahara Badan Pengurus, Pastor Agustinus Sumaraw, Pr sebagai Ketua Badan Pengawas, dan Pastor Johanis Josep Montolalu, Pr sebagai anggota Badan Pengawas. Segenap yang hadir pada waktu itu menyatakan menerima dengan baik pengangkatan pengurus-pengurus yang baru yang akan menjabat selama 5 tahun kedepan.

Bertempat di Keuskupan Manado, telah dilangsungkan rapat dari Yayasan Perguruan Tinggi Universitas De La Salle Manado pada tanggal 22 Agustus 2012. Rapat yang dihadiri oleh Pastor Johanis Josep Montolalu, Pr sebagai perwakilan Yayasan bersama dengan Bapak Agus Tomy Alfons Hutagalung, SH dan Chanie Margreet Tumbelaka selaku saksi, dengan suara bulat memutuskan tentang perubahan susunan keanggotaan organ-organ Yayasan sebagai berikut; Pastor Johanis Josep Montolalu, Pr sebagai Ketua Badan Pembina, Pastor Paulus Joseph Mentang, Pr sebagai anggota Badan Pembina,  Pastor Benny Salombre, Pr sebagai Ketua Badan Pengurus, Bapak Johny Felix Iroth sebagai Sekretaris Badan Pengurus, Bapak Rudy Susilo sebagai Bendahara Badan Pengurus, Bapak Doktorandus Harry Fransiskus Samboaga sebagai Ketua Badan Pengawas, dan Bapak Peter Tjan sebagai anggota Badan Pengawas.

Pada tahun kemarin, tepatnya pada tanggal 31 Oktober 2017, diadakan rapat yang merubah Pasal 25 dari anggaran dasar Yayasan sehingga menghasilkan organ-organ Pengurus Yayasan yang baru yaitu; Monseigneur Benedictus Estephanus Rolly Untu, MSC sebagai Ketua Badan Pembina, Pastor Johanis Josep Montolalu, Pr sebagai anggota Badan Pembina, Pastor Benansio Salombre, Pr sebagai Ketua Badan Pengurus, Bapak Johny Felix Iroth sebagai Sekretaris Badan Pengurus, Bapak Rudy Susilo sebagai Bendahara Badan Pengurus, Pastor Paulus Joseph Mentang, Pr sebagai Ketua Badan Pengawas, Bapak Doktorandus Harry Fransiskus Samboaga dan Bapak Peter Tjan sebagai anggota Badan Pengawas. Pengangkatan pengurus Yayasan berlaku sampai 5 tahun kedepan.